Природно-экологический каркас Республики Башкортостан - это система охраняемых природных территорий (СОПТ), взаимосвязанных между собой и образованных с учетом природных, социально-культурных и национальных особенностей республики в целях сохранения, восстановления и поддержания естественного баланса окружающей среды, биологического и ландшафтного разнообразия.
В настоящее время в республике имеются значительные площади с естественной саморегуляцией экосистем и возможностями дальнейшего формирования и развития природно-экологического каркаса территории, включающей систему охраняемых природных территорий.
Охраняемые природные территории Республики Башкортостан, связанные с ними естественные экологические системы и их биологическое разнообразие представляют собой бесценное природное наследие как Республики Башкортостан и Российской Федерации, так и всего мира, незаменимый источник материальных ресурсов и необходимое условие поддержания благоприятной окружающей среды.
Развитая сеть особо охраняемых территорий российского и республиканского ведения, к которым относятся земли природно-заповедного фонда, территории оздоровительного, природоохранного, рекреационного и историко-культурного назначения, сформированная в Башкортостане, занимает площадь 1655,5 тыс. га, или 9,5% территории республики.
Земли природно-заповедного фонда занимают площадь на 01.01.2014 - 1036 тыс. га, или 7,4% от всей территории республики.
Государственной статистикой учтены земли особо охраняемых природных территорий (ООПТ) федерального значения площадью 412,0 тыс. га (на 01.01.2014), составляющие 2,9% территории республики. К ним относятся ООПТ федерального значения: 3 заповедника ("Башкирский", "Шульган-Таш", "Южно-Уральский") и государственный природный национальный парк ("Башкирия"), находящиеся в ведении Минприроды России.
1) ООПТ регионального значения площадью 614,9 тыс. га, находятся в ведении органов государственной власти Башкортостана и входят в состав лесничеств лесного фонда Башкортостана и других землепользователей;
2) четыре природных парка "Аслы-Куль", "Кандры-Куль", "Мурадымовское ущелье", "Иремель", сочетающие в себе функции охраны природной территории рекреационного назначения и рационального использования природных ресурсов;
3) 27 государственных природных заказников, где охраняется какой-либо один из компонентов природного комплекса (ценные и лекарственные растения, охотничье-промысловые животные, ландшафты и т.д.), режим территории определяется Правительством РБ;
4) 188 памятников природы;
5) ООПТ местного значения площадью 38,08 тыс. га;
6) ландшафтный природный парк местного значения "Зилим" в Гафурийском районе.
К территориям лечебно-оздоровительного назначения республики относятся оздоровительные местности и курорты, обладающие природными лечебными ресурсами, благоприятным климатом и иными природными факторами и условиями, которые используются или могут использоваться для профилактики и лечения заболеваний.
Санатории и курорты площадью 38,2 тыс. га - "Якты-Куль", "Ассы", "Карагай", "Юматово", "Зеленая Роща", курорты "Красноусольский", "Янгантау" находятся в ведении Министерства здравоохранения Республики Башкортостан.