Республика Башкортостан располагает развитой сетью водного транспорта. Эксплуатационная длина водных путей превышает 900 км. Река Белая имеет протяженность 1430 км, судоходный участок составляет 656 км; гарантированная глубина - 2.2 м, к устью - 4 м. Белая объединяет сеть судоходных путей общей протяженностью 900 км. Крупные судоходные притоки: Уфа, Сим, Юрюзань. В нижнем течении реки Уфы расположен Павловский гидроузел.
Река Белая со своим судоходным притоком - рекой Уфой - составная часть Волжско-Камского водного пути, обеспечивающего республике связь с регионами Западного Урала, Поволжья, Центра, Северного Кавказа, Северо-запада РФ и выход на Каспийское, Балтийское, Азовское и Черное моря. Важную роль играет внутренний водный транспорт и во внутриреспубликанских перевозках, особенно в сообщении с северными и северо-западными районами, не имеющими железнодорожной связи с остальными частями республики. В зоне обслуживания внутреннего водного транспорта находится 15 административных районов, на долю которых приходится 22% территории и около трети населения республики.
Для судоходства на протяжении всего навигационного периода используются: река Белая от устья Сима до впадения в Каму, река Уфа - от села Нижний Суян до впадения в Белую и река Кама, с которой территория республики имеет непосредственное соприкосновение на протяжении около 40 км. По большой весенней воде суда могут заходить по Уфе на 77 км выше Нижнего Суяна (до устья реки Аяз), на 100 км по Симу, на 15 - 20 км по Юрюзани и Урюшу. Продолжительность навигационного периода на реках около 200 дней.
Перевозки осуществляются двумя пароходствами:
ЗАО Судоходная компания "БашВолготанкер" (нефтяные грузы),
ОАО "Башкирское речное пароходство" (прочие грузы и пассажиры).
Развитие речного транспорта Башкирии тесно связано с развитием в Республике нефтедобычи и вводом в строй первого нефтеперерабатывающего завода. Судоходная компания "БашВолготанкер" берет свое начало с 1948 года, когда Уфимский нефтепункт Пермского эксплуатационного участка пароходства "Волготанкер" был реорганизован в Уфимский эксплуатационный участок пароходства "Волготанкер". За годы своего существования "БашВолготанкер" перевез свыше 210 миллионов тонн нефтепродуктов. Один из основных грузообразующих центров ОАО "Пароходство "Волготанкер" - Уфа с ее нефтеперерабатывающими заводами. Судоходная компания обеспечивает доставку нефтепродуктов потребителям Башкортостана, регионов России Волжско-Камского бассейна. В настоящее время около 90 процентов общего объема перевозок приходится на экспортные поставки в страны, тяготеющие к Балтийскому морю.
ЗАО Судоходная компания "БашВолготанкер" имеет в своем распоряжении нефтеналивные суда, предназначенные для перевозки любых нефтепродуктов, как темных, так и светлых. Она осуществляет перевозки по всем судоходным рекам европейской части России от Санкт-Петербурга до Ростова-на-Дону и Астрахани. Производит перевозку по малым рекам и мелким нефтебазам. Совместно с флотом материнской компании ОАО "Нефтеналивное пароходство "Волготанкер" осуществляет экспортные перевозки грузов в порты Европы, Малой Азии и Северной Африки.
ОАО "Башкирское речное пароходство" (прежнее название - "Бельское речное пароходство") относится к числу крупных и стабильных предприятий речного транспорта. По многим показателям оно занимает одно из ведущих мест в России. Парк пароходства насчитывает более 150 судов, которые занимаются перевозкой грузов и пассажиров.
В настоящее время предприятие ОАО "Башкирское речное пароходство" обладает необходимой ремонтно-производственной базой. Добывая нерудные строительные материалы в Бельском речном бассейне и одновременно являясь перевозчиком, Башкирское речное пароходство полностью обеспечивает крупнейшие предприятия строительной отрасли республики инертными материалами. Большое место в деятельности пароходства занимают пассажирские перевозки.
В результате освоения новых внутренних и внешнеторговых грузопотоков доля водного транспорта в общереспубликанском объеме перевозимых грузов в 2008 году возросла с 1,4% в 2007 году до 2,6% в 2008 году.
Грузооборот, выполненный судами внутреннего водного транспорта, составил 5661,3 млн. тонно-км, это выше уровня 2007 года в 5,5 раза. Суда класса "река - море" осуществляют перевозки грузов в бассейнах Балтийского, Северного, Средиземного, Каспийского, Черного и Азовского морей.
В навигационный сезон были организованы ежедневные прогулочные рейсы, маршруты "выходного дня", а также круизы по рекам Белая, Кама, Волга, Ока, Москва.