Основными принципами осуществления муниципального финансового контроля являются: законность, независимость, объективность, ответственность, гласность, системность.
Принцип законности означает неуклонное и точное соблюдение норм и правил, установленных законодательством, правовыми актами местного самоуправления, всеми субъектами муниципального финансового контроля.
Принцип независимости означает, что субъекты муниципального финансового контроля независимы в части осуществления контрольной деятельности от органов государственной власти, местного самоуправления и их должностных лиц, политических и иных общественных организаций. Воздействие и влияние на них с целью изменения формулируемых мнений и выводов по результатам контрольной деятельности не допускаются.
Принцип объективности означает, что муниципальный финансовый контроль осуществляется с использованием официальных документальных данных и документированных в ходе контрольных мероприятий данных в установленном законодательством и правовыми актами местного самоуправления порядке путем применения методов, обеспечивающих получение всесторонней и достоверной информации.
Принцип ответственности означает, что к правонарушителям финансового законодательства применяются меры правовой ответственности. Освобождение от правовой ответственности лица, совершившего финансовое правонарушение, допускается по основаниям, предусмотренным законом, и в порядке, установленном законом. Не допускается сокрытие финансовых нарушений. Работники органов муниципального финансового контроля несут ответственность за совершенные ими в области финансового контроля противоправные действия в соответствии с законодательством.
Принцип гласности означает открытость и доступность для общества и средств массовой информации сведений о результатах контрольных (контрольно-ревизионных и экспертно-аналитических) мероприятий в рамках муниципального финансового контроля при условии сохранения государственной, коммерческой и иной охраняемой законом тайны.
Принцип системности означает единство правовых основ контрольной деятельности, осуществляемой в рамках муниципального финансового контроля, организацию взаимодействия субъектов муниципального финансового контроля.