Подпрограмма 1 направлена на повышение конкурентоспособности экономики городского округа Пущино за счет создания благоприятных условий для обеспечения устойчивого развития малого и среднего предпринимательства, в том числе микропредприятий и индивидуальных предпринимателей.
Подпрограмма 2 направлена на повышение инвестиционной привлекательности муниципального образования и эффективности мер по созданию условий для развития инновационной, научной, научно-технической и производственной деятельности на территории городского округа Пущино.
Подпрограмма 3 направлена на развитие конкуренции в городе Пущино через создание необходимых условий для активизации деятельности существующих участников рынка и для появления новых хозяйствующих субъектов на рынке города Пущино.
Подпрограмма 4. Повышение социально-экономической эффективности потребительского рынка городского округа Пущино посредством создания условий для наиболее полного удовлетворения потребностей населения в качественных товарах и услугах, обеспечения устойчивого функционирования и сбалансированного развития различных видов, типов и способов торговли, общественного питания и бытового обслуживания.