Необходимым условием интеграции в ЕИП информационных систем и ресурсов является обеспечение должного уровня информационной безопасности для каждого субъекта, входящего в это пространство. Информационное взаимодействие субъектов в ЕИП наряду с правовым обеспечением требует принятия организационных и технических мер защиты информации.
Правила организационного взаимодействия субъектов ЕИП должны обеспечивать исполнение действующего законодательства, сохранность государственной тайны и конфиденциальной информации. Для этого необходимо в установленном порядке разработать и утвердить документы, регламентирующие взаимодействие субъектов информационного обмена в Администрации города Омска в вопросах информационной безопасности и защиты информации. Данные документы должны содержать как перечень и регламент организационных мероприятий, так и конкретный набор типовых технических решений для эффективной реализации мер по защите информации.
Аппаратно-программные средства в ЕИП должны обеспечивать защиту информации на любом из этапов ее электронной обработки, хранения и приема-передачи. Аппаратно-программные средства защиты информации должны соответствовать требованиям специальных нормативных документов по технической защите информации.