Несмотря на очевидные позитивные последствия, реализация Программы имеет риски и трудности объективного и субъективного характера.
К субъективным трудностям относится психологическая неготовность руководителей и сотрудников муниципальных образовательных учреждений к новым методам работы, отказ от привычных целевых установок без выделения общих стратегических приоритетов развития муниципальной системы образования города Омска.
Перераспределение ресурсов, в первую очередь кадровых и организационных, по новым функциям и видам деятельности в период преобразований может вызвать некоторое сопротивление, психологический дискомфорт у работников, чьи должностные инструкции претерпевают изменения, но в то же время данный процесс стимулирует динамизм и обновление, выявление перспективных ресурсов развития, за счет которых возможен переход к более высокому качеству деятельности.
Финансовые риски могут быть связаны с различными факторами, оказывающими влияние на недостаточность или отсутствие средств на реализацию Программы.