С 1961 года, в соответствии с вновь утвержденным генеральным планом, было определено развитие города Севастополя как главной базы Черноморского флота, крупного порта с развитыми авто-, железнодорожными и автобусными внешними связями, города с развитой промышленностью (судостроение, судоремонт, приборостроение, рыбная промышленность, производство строительных материалов и др.).
Компактное размещение жилых районов велось в пределах пешеходной доступности до основных мест приложения труда, уделялось внимание обеспечению удобной транспортной связи трудящихся с предприятиями и центральными пунктами города. Весь народнохозяйственный комплекс по-прежнему был ориентирован на обслуживание военно-морской базы.
Со второй половины 1960-х гг. начинается развитие современных на тот период отраслей оборонной промышленности. Начали работу завод им. В.И. Ленина "Парус" Министерства приборостроения СССР, разрабатывавший блоки управления для атомных подводных лодок; завод радиоаппаратуры им. Калмыкова Министерства радиопромышленности СССР, специализировавшийся на системах связи военно-морского флота и атомных подводных лодок; завод "Маяк", занимавшийся разработкой световой аппаратуры. Началось создание уникальных конструкторских бюро, связанных прежде всего с атомным подводным флотом: ЦКБ "Компас" ("Таврия"), ЦКБ "Коралл", ЦКБ "Черноморец", Севастопольский филиал Всесоюзного института источников токов (СОВНИИТ) и др.
На территории города имелись три промышленные зоны. Первая, и она же самая мощная и старейшая, расположена вдоль Севастопольской бухты, начиная от мыса Константиновский на Северной стороне, через Инкерман до Южной бухты. Здесь были расположены промышленные предприятия: Севастопольский морской завод, приборостроительный завод "Парус", Инкерманский завод ЖБИ, база "Втормет" и др.
Вторая промышленная зона располагалась вдоль Камышовой бухты и Фиолентовского шоссе. Это самая молодая промышленная зона, по уровню развития она к середине 1980-х годов XX века достигла первую. Здесь находились приборостроительный завод "Муссон", термический завод, железнодорожная станция "Севастополь-грузовой" и др.
Третья промышленная зона расположена на перешейке, соединяющем Гераклейский полуостров с Крымским по линии Балаклава - Инкерман. Эта зона не так велика по территории и мощности, как первые две. Здесь размещаются локомотивное депо "Инкерман-1", производственные базы некоторых строительных организаций и ряд других предприятий и складских объектов. Здесь расположены Балаклавское рудоуправление, судоремонтный завод "Металлист" и др.
Некоторые промышленные предприятия разместились в пределах городской черты города Севастополя: завод "Молот", предприятие "Эра" и др.
В 1991 году в промышленном производстве города Севастополя (включая производство пищевых продуктов, напитков и табака, а также производство и распределение электроэнергии, газа и воды) было занято порядка 60 тыс. человек, объем производства промышленных предприятий составлял 261,7 млн руб. (или 18,5 млрд руб. - в сопоставимых ценах 2013 года).