В ходе реализации комплексного плана транспортного обслуживания можно предположить наличие следующих основных рисков, связанных с наличием объективных и субъективных причин.
1. Финансовый риск - в случаях меньшего (отсутствия) объема финансирования из бюджета республики мероприятий КПТО.
2. Несохранение условий, направленных на развитие пригородного железнодорожного комплекса, действующих в настоящее время, в том числе 0% НДС на услуги по перевозке пассажиров железнодорожным транспортом в пригородном сообщении и установление льготного коэффициента в размере 0,01 (1%) к тарифам на услуги по использованию инфраструктуры железнодорожного транспорта общего пользования, оказываемые ОАО "РЖД" при осуществлении перевозок пассажиров железнодорожным транспортом общего пользования в пригородном сообщении.
3. Административный риск - невыполнение мероприятий, запланированных при реализации КПТО.
4. Инфляция - макроэкономический показатель, связанный с возможностью снижения темпов роста экономики и уровня инвестиционной активности, возникновения бюджетного дефицита.
5. Политические и законодательные факторы - отсутствие основополагающих документов, необходимых для реализации плана.
6. Риск недостаточной гибкости и адаптивности КПТО к изменениям внешних условий вызван, в частности, излишней бюрократизацией процедур актуализации и корректировки КПТО. Он может быть минимизирован путем организации контроля результатов по основным направлениям реализации КПТО, расширения прав и повышения ответственности государственных заказчиков и исполнителей КПТО. Это позволит обеспечить своевременное выявление сбоев в достижении запланированных результатов и осуществить оперативную корректировку задач и конкретных механизмов достижения целей КПТО.