Сообщение водным транспортом осуществляется по озеру Байкал и рекам Селенга, Чикой, Верхняя Ангара. В республике эксплуатируется порт в г. Улан-Удэ и пристани в Нижнеангарске и Усть-Баргузине.
Основной объем работ связан с перевозками грузов: угля, песчано-гравийных и нефтепродуктов. Объем пассажирских перевозок незначителен.
Объем пассажирских перевозок водным транспортом практически отсутствует, при этом очень короток навигационный период в Республике Бурятия, кроме этого, уровень состояния объектов инфраструктуры не соответствует требованиям безопасной эксплуатации: требуется строительство и реконструкция причальных сооружений.