Целями деятельности Комитета являются организация и осуществление на территории Вологодской области в пределах полномочий, предоставленных законодательством, федерального государственного надзора, охраны и регулирования использования объектов животного мира, за исключением объектов, находящихся на особо охраняемых природных территориях федерального значения, расположенных на территории Вологодской области, а также объектов животного мира, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, и охраны среды их обитания.