Для осуществления контроля над выполнением мероприятий Программы, оценки эффективности, выделения и тиражирования лучшего опыта должна быть создана система мониторинга реализации Программы, включающая организационные структуры мониторинга и специализированные информационные системы.
Контроль за выполнением программных мероприятий (внутренний мониторинг) осуществляется государственным заказчиком Программы и рабочей группой правительства Еврейской автономной области по разработке, реализации и корректировке Программы. Внешний мониторинг реализации Программы в соответствии с п. 90 Распоряжения Правительства Российской Федерации от 01.12.2009 N 1830-р "Об утверждении плана мероприятий по энергосбережению и повышению энергетической эффективности в Российской Федерации" осуществляет региональный филиал ФГУ "Российское энергетическое агентство" Минэнерго России на основании ежеквартальных отчетов.
Под внешний мониторинг попадают мероприятия, получающие любой вид государственной поддержки. Для этого на объекте вместе с системой приборов учета энергоресурсов и воды монтируется система "Энергостраж", осуществляющая мониторинг потребления ресурсов по приборам учета и передающая информацию в Государственную информационную систему в области энергосбережения и повышения энергетической эффективности.