Администратором доходов, поступивших от Фонда, является Министерство образования и науки Республики Хакасия. Средства Фонда поступают на единый бюджетный счет доходов Республики Хакасия по коду доходов "Прочие безвозмездные поступления в бюджеты субъектов Российской Федерации".
Финансирование расходов на проведение программных мероприятий осуществляется на основании заявок Министерства образования и науки Республики Хакасия, Министерства труда и социального развития Республики Хакасия, Министерства здравоохранения Республики Хакасия, Министерства спорта, туризма и молодежной политики Республики Хакасия, Министерства культуры Республики Хакасия.