Органом управления региональной программой "Выбор пути" является Министерство образования и науки Республики Хакасия.
Основными исполнителями Программы являются Министерство образования и науки Республики Хакасия, Министерство труда и социального развития Республики Хакасия, Министерство здравоохранения Республики Хакасия, Министерство спорта, туризма и молодежной политики Республики Хакасия, Министерство культуры Республики Хакасия, Министерство внутренних дел по Республике Хакасия (по согласованию), Государственный комитет по занятости населения Республики Хакасия, Управление по взаимодействию с правоохранительными органами Республики Хакасия, Управление Федеральной службы исполнения наказаний по Республике Хакасия (по согласованию).
К реализации региональной программы привлекаются учреждения, организации, непосредственно выполняющие программные мероприятия.
Для управления региональной программой и контролем за ходом ее реализации создается координационный совет, в состав которого включаются представители министерств и ведомств Республики Хакасия, являющихся основными разработчиками и исполнителями.
В целях межведомственной координации и оценки эффективности реализации региональной программы Министерство образования и науки Республики Хакасия ежеквартально запрашивает информацию у исполнителей Программы о расходовании финансовых средств и о показателях эффективности проведенных мероприятий, анализирует и обобщает ее, представляет координационному совету и Фонду поддержки детей, находящихся в трудной жизненной ситуации.