Управление программой осуществляет заказчик Программы, который в установленном порядке предоставляет отчеты о ходе выполнения программы и эффективности использования выделяемых на ее реализацию финансовых средств.
Контроль за ходом выполнения мероприятий программы осуществляется в соответствии с нормативными правовыми актами Российской Федерации и Республики Алтай.
Государственным заказчиком Программы является Министерство сельского хозяйства Республики Алтай. Министерство сельского хозяйства Республики Алтай получает финансирование на осуществление мероприятий данной программы, ответственными структурными подразделениями по реализации являются отдел социального развития сельских территорий, работе с личными подсобными хозяйствами, информационного обеспечения производства агропромышленного комплекса, отдел финансирования господдержки, анализа и прогнозирования и производственный отдел.
Государственный заказчик осуществляет меры по полному качественному выполнению мероприятий Программы, подготовке информации, докладов по результатам выполнения мероприятий Программы и организационно-техническое обеспечение работы Программы.
Контроль за целевым расходованием средств, направленных на реализацию программы, осуществляется Министерством сельского хозяйства Республики Алтай.