Котловина Клюквенного озера располагается в притеррасной части первой надпойменной террасы реки Псел, сложенной аллювиальными песками. С западной, северной и восточной сторон ее окаймляет уступ второй надпойменной террасы. С южной стороны берег котловины, постоянно повышаясь, достигает первой надпойменной террасы. Береговая линия озера проходит в 50 - 70 м от уступа второй надпойменной террасы. Берегового уступа нет, склон берега постепенно уходит под водную толщу озера. Дно илистое с разложившимися органическими остатками озерной растительности, образующими коричневато-бурую гелеобразную массу, уплотняющуюся с глубиной.
В геоморфологическом плане Клюквенное озеро располагается на надпойменной террасе реки Псел в пределах отложений русловой фации, сложенных светло-серыми мелкозернистыми, серыми среднезернистыми и светло-бурыми мелкозернистыми песками. В геолого-структурном отношении оно находится на границе двух структурных зон IV порядка (Льговско-Пристенское поднятие и Псельский прогиб).
Морфоструктурный анализ позволяет говорить о приуроченности границы к предполагаемой зоне разрывного нарушения запад-северо-западного простирания. Во взброшенном северо-восточном блоке этой зоны, прилегая непосредственно к самому разрывному нарушению, располагается Клюквенное озеро.