Всего на территории памятника природы выявлено 187 видов сосудистых растений из 54 семейств (приложение N 1).
На территории памятника природы встречается 11 видов сосудистых растений, включенных в Красную книгу Российской Федерации (ККР) и Красную книгу Курской области (ККо): плаун булавовидный, альдрованда пузырчатая, росянка круглолистная, клюква болотная, турча болотная, ортилия однобокая, ива лопарская, ива черничная, осока топяная, пушица влагалищная, шейхцерия болотная.
1. Lycopodium clavatum L. - Плаун булавовидный. ККо. Редко. Отмечен в южной части урочища в березняке (из Betula pendula).
2. Aldrovanda vesiculosa L. - Альдрованда пузырчатая. ККР, ККо.
3. Drosera rotimdifolia L. - Росянка круглолистная. ККо. Очень редко на большой березово-сфагновой сплавине. Численность невысокая. В Курской области в настоящее время этот вид встречается еще на Зоринском участке Центрально-Черноземного заповедника.
4. Oxycoccus palustris L. - Клюква болотная. ККо. Встречается на сфагновых болотах большой и малой сплавин. Численность высокая.
5. Hottonia palustris L. - Турча болотная. ККо.
6. Orthilia secunda L. House - Ортилия однобокая. ККо. Очень редко. Отмечены единичные особи в южной части урочища, в березняке.
7. Salix lapponum L. - Ива лопарская. ККо. Редко по сфагновым болотам на большой сплавине. Численность невысокая.
8. Salix myrtilloides L. - Ива черничная. ККо. Редко по сфагновым болотам на большой сплавине. Численность местами довольно высокая.
9. Carex limosa L. - Осока топяная. ККо. Нередко по сфагновым болотам на сплавинах. Численность местами довольно высокая.
10. Eriophorum vaginatum L. - Пушица влагалищная. ККо. Нередко по сфагновым болотам на сплавинах. Численность местами высокая.
11. Scheuchzeria palustris L. - Шейхцерия болотная. ККо. Отмечено несколько особей на сфагновой сплавине.
Редкие виды, не включенные в Красную книгу Курской области, но заслуживающие особого внимания:
Nymphaea Candida J. Presl - Кувшинка белоснежная, "водяная лилия". На Клюквенном озере произрастает отдельными группами по более глубоким местам.
Rubus nescensis Hall. - Ежевика несская, куманика. Произрастает на северо-западном берегу озера в ольшанике.
Phragmites altissimus (Benth.) Nabille - Тростник высочайший. На Клюквенном озере произрастает на небольшом протяжении юго-западной части берега, формирует заросли самостоятельно. Встречается и в воде озера у берега.