5.1. Госкомитет возглавляет председатель, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Республики Саха (Якутия).
5.2. Председатель несет персональную ответственность за выполнение возложенных на Госкомитет задач и осуществление им своих функций.
5.3. Председатель имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Главой Республики Саха (Якутия). Количество заместителей председателя устанавливается решением Правительства Республики Саха (Якутия).
5.4. Председатель:
5.4.1. Руководит деятельностью Госкомитета.
5.4.2. Издает распоряжения, приказы.
5.4.3. Утверждает штатное расписание Госкомитета в пределах установленного фонда заработной платы и численности в порядке, установленном законодательством.
5.4.4. Утверждает Положения о департаментах, управлениях, отделах, административные и должностные регламенты.
5.4.5. Открывает и закрывает счета, открытые в соответствии с законодательством Российской Федерации, Республики Саха (Якутия), совершает по ним операции, подписывает финансовые документы.
5.4.6. Действует без доверенности от имени Госкомитета в отношениях с органами государственной власти, местного самоуправления и другими организациями.
5.4.7. Выдает в установленном порядке доверенности на представление интересов Госкомитета.
5.4.8. Обеспечивает исполнение законодательства Российской Федерации и Республики Саха (Якутия) о государственной гражданской службе.
5.4.9. Представляет интересы Госкомитета в судах, контрольных, надзорных органах и иных предприятиях, организациях, учреждениях.
5.5. В Госкомитете образуется коллегия в составе председателя (председатель коллегии), заместителей председателя Госкомитета, входящих в ее состав по должности, представителя Департамента транспорта и жизнеобеспечения Администрации Главы Республики Саха (Якутия) и Правительства Республики Саха (Якутия), представителей министерств, ведомств, государственных учреждений, организаций и предприятий других форм собственности.