Природные комплексы Молого-Судского ландшафтного района, комплекс пойменных форм рельефа, реликтовые леса научного значения с участием дуба черешчатого на северо-восточной границе ареала, редкие виды растений и животных.
Около 47% земель заказника занято лесами, 24% - лугами. Леса поймы чаще всего представлены березняками, черноольшаниками или ивняками. На долю сосняков надпойменной террасы приходится не более 9% лесопокрытой площади. Черноольшаники логовые имеют смешанный состав древостоя, местами, в древесном ярусе, появляются береза бородавчатая и дуб черешчатый, занесенный в Красную книгу Вологодской области.
Флора насчитывает около 300 видов, среди них 35 видов лишайников, 20 мхов, 12 папоротникообразных, 6 голосеменных и около 220 видов цветковых. В целом флористический состав характеризуется господством обычных таежных видов.
Довольно разнообразен фитоценотический состав лугов. Небольшими участками встречаются типичные крупнозлаковые пойменные луга с доминированием костреца безостого, реже двукисточника тростниковидного.
"Ванская Лука" является резерватом многих охраняемых растений области. Кроме дуба черешчатого имеются молодило шароносное, прострел раскрытый, тонконог сизый, ежевика сизая и другие виды.
Разнообразен животный мир заказника. Здесь постоянно обитают лось, кабан, енотовидная собака, лисица, заяц-беляк, белка. Изредка встречаются волк и медведь. В многочисленных заливах и протоках селятся водная полевка, ондатра, европейский бобр. Зарегистрировано более 100 видов птиц.