Территория заказника, представляющая смешанный массив сельскохозяйственных и лесных угодий, примыкающих к населенным пунктам и садово-дачным кооперативам вдоль реки Мологи, является долинным пойменным комплексом с заливными лугами реки Мологи и ее притока реки Шалочи.
Старицы, заводи и мелководья являются местами нерестилищ рыб.
Территория заказника представлена типичным среднетаежным ландшафтом подзоны южной тайги. Леса смешанного типа представлены ельниками-черничниками, ельниками-кисличниками, ельниками торфяно-болотными, сосняками-черничниками, сосняками-брусничниками, сосняками сфагновыми, долгомошными. Преобладающие породы: ель, сосна, береза, ольха черная.
Часть территории занимают сфагновые болота.
Леса, произрастающие на болотах, выполняют водоохранную функцию, регулируя водосток рек Мологи и Шалочи.
В северной части заказник примыкает к комплексу Уломских болот - единственному в Вологодской области массиву малонарушенных земель.
Животный мир типичен для средней тайги. Распространены семейства ржанковых, утиных, зайцев, псовых (лисица, волк, енотовидная собака), встречаются куньи (барсук, выдра), кабаны.
Из видов, занесенных в Красную книгу Российской Федерации, встречаются скопа, золотистые ржанки (останавливаются на весеннем пролете). Из видов, занесенных в Красную книгу Вологодской области, представлены кулики-сороки, черный коршун, заяц-русак, возможно обитание норки европейской. Из видов, требующих контроля, встречаются обыкновенный уж, прудовая лягушка, обитающие на северной границе их ареала распространения.
В границах 48, 50 выделов 69 квартала Ванского лесничества Устюженского лесничества по реке Шалочи отмечены места обитания бобров.
(в ред. постановления Правительства Вологодской области от 09.01.2023 N 1)
Активное строительство по берегам реки Мологи, создание и расширение дачных кооперативов нарушают комплекс пойменных форм рельефа, представляют угрозу для экосистемы береговой полосы и реки.