Территория государственного природного заказника почти полностью занята лесом. Здесь сформировался разновозрастной древостой. Основными лесообразующими породами являются сосна обыкновенная, ель сибирская и береза бородавчатая. Подлесок формируется из рябины и черемухи.
Лесной массив включает в себя разнообразные растительные ассоциации. Наиболее типичны сосняки и ельники-черничники (47%). Брусничная группа представлена в основном сосняками (25%). Широко распространены сфагновые, лишайниковые и долгомошные группы. В сосняках сфагновых произрастают редкие виды растений: росянка круглолистная, шейхцерия болотная и водяника черная.
В моховом покрове встречаются все характерные для темнохвойных лесов виды: плеврозий Шребера, гилокомий блестящий, различные виды дикрана, ритидиадельф, климаций древовидный, птилий гребенчатый, несколько видов сфагнума.
На территории государственного природного заказника зарегистрировано более 70 видов высших растений. Это преимущественно типичные таежные обитатели. Среди них вид, занесенный в Красную книгу Вологодской области, - башмачок настоящий и редкие виды: плаун колючий, волчеягодник, ландыш майский, княжик сибирский, медуница темная, колокольчик крапиволистный.
В пределах государственного природного заказника произрастает много лекарственных растений: борец высокий, сабельник болотный, багульник болотный, ландыш майский, вахта трехлистная, горец змеиный.