Единственное место в Верхне-Кубенском ландшафтном районе волнистых и холмистых моренных равнин, где еще сохранились участки субкоренных хвойных лесов. Моренные суглинки в государственном природном заказнике перекрыты озерно-ледниковыми и речными песками и супесями, которые и являются почвообразующими породами.
Озеро Синица (Синицынское) - одно из немногих в районе, занимает межгривное понижение. Площадь озера - около 3 гектаров, глубина более 4 метров. Вода в озере прозрачна почти до дна. В озере произрастает растение, занесенное в Красную книгу Вологодской области, - кувшинка белая. Из озера начинается ручей, впадающий в реку Кубену.
На территории государственного природного заказника преобладают сосновые и еловые леса. Мелколиственные леса (в основном березовые) занимают лишь 11% лесной площади. Леса преимущественно относятся к зеленомошной группе ассоциаций. Преобладают черничники, среди сосняков значительно участие кисличников. Ельники представлены типами: черничники свежие, значительно реже - черничники влажные, кисличные, долгомошные, травяно-болотные. Среди сосняков есть также заболоченные и заболачивающиеся сфагновые (8%) и долгомошные (14%).
Возрастной состав лесов довольно пестрый и колеблется от молодняков до спелых и перестойных, причем спелые древостои преобладают.
Болота в составе земель заказника занимают всего 1.5% и представлены переходными типами. Сфагновые мхи в них сочетаются с гипновыми, в травяно-кустарничковом ярусе доминируют хвощи и таволга в сочетании с багульником, кассандрой, голубикой, пушицей. Моховой сплавиной окружено озеро. Луговая растительность распространена в пойме реки Кубены и по долинам лесных ручьев.
Во флоре государственного природного заказника зафиксировано 104 вида растений. Среди них редкие: волчье лыко, жимолость лесная, гудайера ползучая, гвоздика пышная, ятрышник, ужовник, тайник яйцелистный, плаун сплюснутый, страусник обыкновенный, а также занесенные в Красную книгу Вологодской области: диплязиум сибирский, ладьян трехнадрезный, пальчатокоренник кровавый, малина хмелелистная.
Животный мир - типично таежный: встречаются лось, куница, выдра, изредка - бурый медведь; из птиц - глухарь, тетерев, рябчик. В лесу довольно много муравейников.