Территория имеет научное и рекреационное значение.
Озеро Черное - самый крупный водоем Чагодощенского района, окунево-плотвичного типа. В юго-западной его части берет начало река Черная.
Лесной массив в пределах водосбора выполняет функцию стабилизации водного режима озера, представлен ельниками (43.1% лесной территории), заболоченными и заболачивающимися сосняками (40% лесной территории).
Ценность представляет крупный массив верховых болот площадью 196 га в границах кварталов 262, 263 Белокрестского участкового лесничества - тип природного комплекса, охрана которого на территории области в ранге ООПТ недостаточна.
Флористический состав ООПТ содержит 366 видов растений из 217 родов и 81 семейства (48% от флоры Чагодощенского района). 28 видов растений занесены в Красную книгу Вологодской области. На территории заказника "Черноозерский" обнаружены устойчивые популяции и благонадежные ценотические группировки с участием редких и охраняемых видов растений.
(в ред. постановления Правительства Вологодской области от 09.01.2023 N 1)
Отмечается гнездование сорокопута серого - вида, занесенного в Красную книгу Российской Федерации.