Государственный природный заказник находится в междуречье рек Колпи и Чагодощи. Его территория представлена типичными для центральной части Молого-Судского ландшафтного района комплексами верховых болот с остаточными озерами и сосняками.
В границах государственного природного заказника располагается 15 озер (14.3% площади), два ручья и река Смердиль - приток реки Колпи.
Отненская группа озер состоит из 11 водоемов площадью от 7.5 до 731.0 га и четырех небольших озер площадью не более 2 га каждое. Крупные озера - остатки былого Молого-Шекснинского приледникового бассейна, малые возникли на поверхности торфяников в более позднее время. Большая часть озер Отненской группы мелководна, исключение составляют только три Слицовских озера, средняя глубина которых около 3 метров. Озера Отно, Грибно и Верхнее - сточные, вода в них, как и в большинстве других озер группы, имеет желтовато-коричневый или коричневый цвет и прозрачность не более 1 метра. Озера зарастают моховой сплавиной.
Равнинность рельефа и близкое залегание грунтовых вод обусловили широкое развитие на территории государственного природного заказника гидроморфных почв, среди которых преобладают торфяные мало- и среднемощные, торфяно-глеевые и торфянисто-подзолистые. На повышениях рельефа в юго-западной части государственного природного заказника появляются слабо- и среднеподзолистые песчаные и супесчаные почвы.
В государственном природном заказнике преобладают озерно-болотные геосистемы: доля болот - около 69%, а акватории занимают 20% площади. Леса распространены лишь на 11% его территории, причем более 80% лесных земель заняты заболоченными и заболачивающимися сосняками. Только в местах лучшего дренажа небольшими участками встречаются лишайниковые, зеленомошные брусничные и черничные сосняки. Ельники-черничники свежие и травяные занимают небольшие площади в верховьях ручья Воського.
Всего на территории государственного природного заказника зарегистрировано 65 видов растений. Из редких для Вологодской области растений отмечены: липа мелколистная, калина обыкновенная, ландыш обыкновенный, а также вид, занесенный в Красную книгу области, - молиния голубая.