Памятник природы "Малахов бор" расположен на возвышенном плато в междуречье рек Кокшеньга, Тарнога, Малаховка. В формировании ландшафта большую роль сыграла деятельность приледниковых и послеледниковых вод, после спада водоемов образовались террасированные песчаные равнины, на одной из которых и находится памятник природы.
В растительном покрове преобладают высокобонитетные сосняки, представленные тремя типами: лишайниковым, зеленомошным и сфагновым.
Во флоре памятника природы зарегистрировано около 70 видов, из которых 16 относятся ко мхам и лишайникам. Из редких в Вологодской области видов растений встречаются плаун булавовидный, гудайера ползучая, из занесенных в Красную книгу Вологодской области - зимолюбка зонтичная.