Комплексная система должна быть реализована в защищенном исполнении и должна обеспечивать защиту сведений, содержащих государственную тайну. Безопасность информации, содержащейся в комплексной системе, достигается путем комплексных правовых, организационных, технических и методических мероприятий в объеме требований, предъявляемых нормативно-методическими документами. Информация, содержащая персональные данные, должна защищаться в соответствии с Федеральным законом "О персональных данных".
Должна быть обеспечена целостность и доступность информационных ресурсов. Обмен по каналам связи электронными документами в территориально распределенной системе должен поддерживаться процедурами идентификации и аутентификации пользователей.
Используемые при построении комплексной системы средства криптографической защиты информации, антивирусные средства, телекоммуникационное оборудование должны быть сертифицированы в установленном порядке.
Требования по обеспечению безопасности информации формулируются в технических заданиях на производство работ.