Основными проблемами функционирования и развития транспортного комплекса области являются:
продолжающееся в последние годы повышение цен на топливо, электрическую энергию, эксплуатационные материалы, которое оказывает негативное влияние на финансово-экономическую деятельность перевозчиков, приводит к неизбежному повышению тарифов на проезд в транспорте общего пользования. Доля затрат на топливо составляет 35 - 45% от общих затрат на транспортную деятельность;
отсутствие муниципальных заказов на пассажирские перевозки со стороны администраций муниципальных образований области. В связи с этим перевозчики вынуждены сокращать количество рейсов по нерентабельным маршрутам, что приводит к транспортной дискриминации населения;
сохранение тенденции старения подвижного состава и инфраструктуры пассажирского транспорта. По состоянию на 1 января 2013 года средний износ автобусного парка автотранспортных предприятий транспорта общего пользования - 55.2%. Средний процент износа троллейбусов - 58.1%, трамваев - 90.0%;
изношенность инфраструктуры аэропортов и парка воздушных судов;
ограниченность пропускной способности Вологодского железнодорожного транспортного узла.