В воздушном пространстве на территории области с запада на восток проходит коридор международных воздушных трасс.
На территории Вологодской области функционирует 2 авиапредприятия (ОАО "Вологодское авиационное предприятие" и ООО "Авиапредприятие "Северсталь"). Перевозки по местным и внутренним авиалиниям, а также чартерные авиаперевозки осуществляются самолетами Як-40 и CRj-200, авиационное обслуживание отраслей экономики области осуществляется вертолетами Ми-8 и Ми-2.
В аэропортах "Вологда" и "Череповец" созданы условия, обеспечивающие безопасную работу авиатранспорта в соответствии с предъявляемыми требованиями к данному виду деятельности.