По территории Вологодской области проходят водные магистрали: Волго-Балтийский водный путь (ВБВП) и река Сухона с Северо-Двинской шлюзованной системой (СДШС).
На территории области расположены 7 организаций, осуществляющих перевозку и переработку грузов, 2 района водных путей и судоходства, обеспечивающих содержание судоходной обстановки на внутренних водных путях, 2 района гидросооружений и судоходства, обеспечивающих пропуск судов через гидротехнические сооружения, а также выработку электроэнергии.
Перевозка населения области речным транспортом осуществляется паромной переправой (Великоустюгский муниципальный район) и катером (Междуреченский муниципальный район).
На территории Вологодской области расположены основные гидротехнические сооружения Волго-Балта: 8 судоходных шлюзов; 3 гидроэлектростанции; 5 водосбросов; 3 водохранилища и другие сооружения (плотины, дамбы, мостовые и паромные переправы). Общая протяженность Волго-Балтийского водного пути по Вологодской области составляет 361 км.
Северо-Двинская шлюзованная система построена в 1828 году и представляет собой комплекс подпорных и судоходных гидротехнических сооружений, соединяющих ряд озер. Общая протяженность системы - 127 км.