Контроль за реализацией ведомственной программы осуществляет Главное управление ветеринарии Удмуртской Республики.
Министерство финансов Удмуртской Республики проводит выборочные проверки целевого использования средств бюджета Удмуртской Республики, выделяемых на реализацию ведомственной программы.