Республиканским заказчиком Программы выступает Министерство сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики. Заказчик назначает исполнительную дирекцию Программы, заключает с ней договор на реализацию Программы, который предусматривает условия, порядок, сроки реализации и финансирования программных мероприятий, ответственность сторон.
Для управления Программой используются как административно - правовые, так и экономические методы. Все виды финансовой поддержки, льготного кредитования крестьянских (фермерских) хозяйств и кооперативов ставятся в зависимость от реализации ими производственных и организационно - экономических мероприятий Программы.
Контроль за реализацией Программы и эффективностью использования средств осуществляют: Министерство экономики Удмуртской Республики, Министерство финансов Удмуртской Республики, Министерство сельского хозяйства и продовольствия Удмуртской Республики.