5.1. Министерство возглавляет Министр, назначаемый на должность и освобождаемый от должности Главой Карачаево-Черкесской Республики по представлению Председателя Правительства Карачаево-Черкесской Республики в порядке, установленном Законом Карачаево-Черкесской Республики от 06.01.98 N 371-XXII "О Правительстве Карачаево-Черкесской Республики".
Министр одновременно по должности является главным государственным инспектором Карачаево-Черкесской Республики в области охраны окружающей среды.
Министр несет персональную ответственность за выполнение задач, возложенных на Министерство, и осуществление им своих функций;
5.2. Министр имеет заместителей, назначаемых на должность и освобождаемых от должности Президиумом Правительства Карачаево-Черкесской Республики по его представлению.
5.3. В период временного отсутствия Министра (в связи с болезнью, командировкой и по другим причинам) его обязанности исполняет один из заместителей Министра в порядке, установленном действующим законодательством, который обладает правом подписи документов, в том числе финансовых документов, и правом решения текущих вопросов, возникающих в процессе деятельности Министерства.
5.4. Министр:
руководит деятельностью Министерства на основе единоначалия;
распределяет обязанности между заместителями Министра и определяет их полномочия;
издает в пределах своей компетенции приказы и распоряжения, утверждает инструкции, дает указания по вопросам деятельности Министерства и проверяет их исполнение;
утверждает Положения о структурных подразделениях Министерства и должностные регламенты государственных гражданских служащих, проходящих государственную гражданскую службу в Министерстве;
несет персональную ответственность за состояние антикоррупционной работы в Министерстве;
разрабатывает и вносит:
Главе Карачаево-Черкесской Республики структуру и Положение о Министерстве;
в Президиум Правительства Карачаево-Черкесской Республики проект штатного расписания Министерства;