Государственная программа предусматривает комплексное развитие всех отраслей и подотраслей, а также сфер деятельности агропромышленного и рыбохозяйственного комплексов. Одновременно выделяются два уровня приоритетов.
К первому уровню приоритетов относятся:
- в сфере производства - растениеводство (производство овощей, картофеля, бахчевых), животноводство (мясное скотоводство, в том числе крупный рогатый скот мясного направления, овцеводство и козоводство, птицеводство, производство скота и птицы на убой, производство яйца), рыболовство и товарная аквакультура как системообразующие подотрасли, использующие конкретные преимущества региона, в первую очередь, наличие значительных площадей сельскохозяйственных угодий (пашни, пастбища, естественные сенокосы), естественных и искусственных водоемов и свободный рынок сбыта;
- в экономической сфере - повышение финансовой устойчивости и доходов сельскохозяйственных товаропроизводителей;
- в социальной сфере - комплексное развитие сельских территорий в качестве основного условия сохранения трудовых ресурсов и территориальной целостности региона;
- в сфере развития производственного потенциала - мелиорация земель сельскохозяйственного назначения, введение в оборот неиспользуемой пашни и других категорий сельскохозяйственных угодий, техническое перевооружение и модернизация производственных мощностей;
- в научной и кадровой сферах - обеспечение формирования инновационного агропромышленного комплекса с внедрением современных передовых технологий.
Ко второму уровню приоритетов относятся следующие направления:
- развитие импортозамещающих подотраслей сельского хозяйства, включая производство овощей защищенного грунта, традиционных направлений (производство томата) пищевой перерабатывающей промышленности, развитие товаропроводящих путей и обеспечение конкурентоспособности сельскохозяйственной продукции региона;
- экологическая безопасность сельскохозяйственной продукции и продовольствия;
- наращивание экспорта сельскохозяйственной продукции, сырья и продовольствия по мере насыщения ими внутреннего рынка;
- минимизация логистических издержек и оптимизация других факторов, определяющих конкурентоспособность продукции, с учетом рационального размещения и специализации сельскохозяйственного производства и пищевой промышленности в рамках вступления России в ВТО.