Вредное воздействие вод на территории республики проявляется, в основном, в виде подтопления населенных пунктов и объектов экономики подземными водами, их затопления поверхностными и склоновыми водами во время паводков и ливневых дождей, а также - в зимнее время наледями. Подтоплению подземными водами подвержены около 30 населенных пунктов, затоплению поверхностными водами со склонов - 23 населенных пункта, подтоплению наледями - 38 населенных пунктов, затоплению селем - 1 населенный пункт (частично). В республике ежегодно наблюдаются процессы подтопления, связанные с весенним половодьем и летне-осенними паводками.
Средняя общая продолжительность весеннего половодья составляет 2,5 - 3 месяца, средний срок окончания - первая половина июня. Половодье обычно проходит в две волны: первая волна - в период таяния снега в степной зоне (третья декада марта - первая декада апреля); вторая волна - в период таяния снега в горно-таежной местности (третья декада апреля - первая декада июня). Во время первой волны наблюдается затопление населенных пунктов и объектов экономики поверхностными водами со склонов холмов в Аскизском, Бейском, Боградском, Усть-Абаканском и Ширинском районах, г. Черногорске. Во время второй волны происходит значительный подъем уровня воды в реках, создается угроза разрушения защитных гидротехнических сооружений, затопления населенных пунктов и объектов экономики во всех районах республики, за исключением Боградского.
Летне-осенние паводки формируются затяжными дождями и дождями ливневого характера, расход воды и, соответственно, уровни воды на некоторых реках в этот период бывают выше, чем весной. Угрозе затопления во время летних паводков подвержены населенные пункты и объекты экономики Алтайского, Аскизского, Бейского, Боградского, Орджоникидзевского, Таштыпского, Усть-Абаканского и Ширинского районов.
Данный процесс является умеренно опасным на территории Республики Хакасия согласно СНИП 22-01-95 "Геофизика опасных природных воздействий".
На территории республики мониторинг гидрологической обстановки осуществляют 32 гидропоста:
- р. Енисей: г. Саяногорск, с. Подсинее, п. Никитино;
- р. Абакан: г. Абаза, п. Райков, г. Абакан;
- р. Матур: п. Малый Анзас;
- р. Малый Абакан: в районе устья р. Тарташ;
- р. Она: п. Малый Анзас;
- р. Большой Он: п. Большой Он;
- р. Таштып: с. Таштып;
- р. Уйбат: с. Усть-Бюр;
- р. Большая Ерба: с. Большая Ерба;