Реализация подпрограммы сопровождается рядом рисков, прежде всего финансово-экономического порядка.
Финансово-экономические риски связаны с сокращением в ходе реализации подпрограммы предусмотренных объемов бюджетных средств, что потребует внесения изменений в подпрограмму.
Основными мерами управления рисками с целью их минимизации их влияния на достижение целей и конечных результатов выступают мониторинг, открытость и подотчетность, методическое и аналитическое сопровождение, информационность.