Сценарий модернизационного развития предполагает наряду с использованием конкурентных преимуществ экономики области как в традиционных секторах, так и в новых наукоемких секторах прорыв в повышении эффективности человеческого капитала, развитии высоко- и среднетехнологичных производств и превращение инновационных факторов в основной источник экономического роста.
Переход к новому качеству экономического роста будет происходить за счет создания новых передовых секторов, подразумеваемого стратегией инновационного развития экономики и общества. Новая модель экономики заключается в отходе от сложившейся сырьевой модели, для которой характерны активные вложения в основные фонды, наращивание активов. Необходим переход от одной из лидирующих ролей топливно-энергетического комплекса в экономике области к естественной функции эффективного и стабильного поставщика топливно-энергетических ресурсов для нужд экономики и населения.
Главными направлениями развития инноваций в Вологодской области могут стать энергоэффективные технологии в отраслях экономики, в том числе в топливно-энергетическом комплексе.
Рисками для реализации данного сценария являются: недостаточное развитие научно-исследовательской базы, недостаточное качество человеческого капитала, высокие материальные и организационные издержки.