Организационную структуру администрации г. Новочебоксарска можно отнести к функциональному типу структур. Различные отраслевые органы местной администрации расположены в 5 отдельных зданиях в разных частях города, что способствует разобщенности структур администрации.
Направления, требующие организационной доработки: высокие коммуникационные барьеры, бюрократизация, перегруженность управленцев, недостаточно четкое распределение функциональных обязанностей между отделами администрации, дублирование функций, размывание ответственности.