Основными направлениями информатизации системы здравоохранения являются:
совершенствование организационной структуры и научно-методического обеспечения информатизации здравоохранения;
создание автоматизированной системы электронного документооборота в сфере здравоохранения Республики Хакасия;
проведение мониторинга процессов, связанных со здоровьем населения Республики Хакасия;
проведение мониторинга исполнения государственных гарантий обеспечения населения Республики Хакасия бесплатной медицинской помощью;
информатизация первичной медико-санитарной, специализированной медицинской помощи и лечебно-диагностического процесса;
совершенствование автоматизированной системы учета застрахованного населения;
совершенствование системы информационной поддержки формирования сводных медицинских статистических отчетов;
использование и развитие телекоммуникационной сети субъектов системы здравоохранения Республики Хакасия;
обеспечение безопасности и защиты информации при информационном обмене в единой информационной системе здравоохранения на территории Республики Хакасия.