Перечень подпрограмм установлен для достижения целей и задач, определенных основополагающими документами в части развития агропромышленного комплекса, а именно для увеличения объемов производства сельскохозяйственной продукции.
Структура и перечень подпрограмм соответствует принципам программно-целевого управления экономикой, охватывает все основные сферы агропромышленного производства - производство сельскохозяйственной продукции и пищевых продуктов, их реализацию, технико-технологическое и информационное обеспечение, институциональные преобразования, управление реализацией Государственной программы.
Состав подпрограмм рассчитан на взаимосвязанное развитие агропромышленного комплекса республики и его основных сфер.