2.1. Секретариат работает под руководством ответственного секретаря Совета.
2.2. Секретариат состоит из:
ответственного секретаря Совета;
членов секретариата: секретаря-координатора, секретарей постоянно действующих комиссий в составе секции по портам, береговой инфраструктуре, экологической безопасности, морской и речной транспортной деятельности Совета.
2.3. Обязанности ответственного секретаря и членов Секретариата определяются регламентом Совета.