Программа выполняется за счет средств федерального бюджета, бюджета Пензенской области, а также за счет средств юридических и физических лиц, осуществляющих деятельность в сфере животноводства.
Учет животных (биркование, нумерация и др.), приобретение расходных материалов (шприцы, иглы, вата, спирт, стерилизаторы и др.), дезинфектантов, акарицидов, инсектицидов, ратицидов и других необходимых технических средств осуществляется за счет бюджета Пензенской области, внебюджетных средств владельцев животных.
Программное обеспечение, методическое руководство, консультативная помощь институтов и практическая помощь диагностических центров, обеспечение биологическими препаратами в соответствии с обоснованными расчетами - за счет средств федерального бюджета.