В качестве основополагающих принципов формирования Схемы приняты:
принцип приоритетов - ведущими приоритетами Схемы являются: охрана редких видов растений, животных и среды их обитания; развитие рекреационного потенциала особо охраняемых природных территорий. В отношении ценных видов приоритетными являются выделение и охрана мест их массового обитания, а также сезонных и миграционных концентраций;
ландшафтный принцип (принцип комплексности) - границы ООПТ выделяются на ландшафтной основе, проходят с выделением речных бассейнов, представляющих единый естественно сложившийся комплекс. Наиболее предпочтительны территории, где наряду с редкими биологическими объектами под охрану принимаются достопримечательные участки ландшафтов;
принцип разумной достаточности - максимальная площадь ООПТ определяется потребностью сохранения в оптимальных биотопах генетически обусловленного числа особей охраняемого вида, необходимого для успешного воспроизводства;
принцип гибкости режимов охраны - введение обоснованных ограничений режима природопользования в пределах, необходимых для выполнения природоохранных задач.