Данная местность представляет собой сочетание гидрологических, геологических, ландшафтных памятников природы, ключевых орнитологических территорий, объектов культурного наследия и имеет в масштабах области особое природоохранное, научное, культурное, эстетическое, рекреационное и оздоровительное значение.
Территория ОПК "Онежский" располагается в Северо-западной ландшафтной области в пределах Южноонежского ландшафтного района, геокомплексы которого являются уникальными и не имеют аналогов как в Вологодской области, так и в России. На территории ОПК "Онежский" доминирует самый молодой для Вологодской области озерно-ледниковый рельеф, сформировавшийся в Прионежской низине. Присутствует редкий для области эоловый рельеф, ярко выраженный в виде дюн на побережье озера Тудозера вблизи деревни Щекино и на побережье озера Онежского к северу от реки Андомы.
В границах ОПК "Онежский" наблюдается самое близкое для Вологодской области залегание пород фундамента Восточно-Европейской платформы (глубина до 150 - 200 м).
Значимость территории придает ее принадлежность к региональным бассейнам стока озера Онежского и Балтийского моря, которые в свою очередь входят в глобальный бассейн стока Атлантического океана.
В пределах ООПТ насчитывается 37 водных объектов. Наиболее крупные - реки Андома с притоком Ялегой, Вытегра, Поврека, Илекса, озера Тудозеро, Лужандозеро и Большое. Особого внимания заслуживает река Андома, имеющая статус нерестового притока для лососевых и сиговых рыб озера Онежского.
Территория отличается богатым видовым разнообразием.
Флора насчитывает около 400 видов высших сосудистых растений (57% от флоры Вытегорского района). Более половины территории поросло елово-сосновыми и сосново-березовыми лесами, четверть занята болотами. На территории ООПТ обнаружены 20 редких видов растений, 3 из которых занесены в Красную книгу Российской Федерации и 17 - в Красную книгу Вологодской области. В их числе лобелия Дортмана, полушник озерный, кувшинка четырехгранная.
Из 201 вида наземных позвоночных животных, обитающих на территории ООПТ, 20 видов редких птиц (из них 9 видов внесены в Красную книгу Российской Федерации и 11 видов - в Красную книгу Вологодской области). Среди 23 видов ихтиофауны 3 вида рыб занесены в Красную книгу Российской Федерации и в Красную книгу Вологодской области.
Уникальные урочища: крупные береговые моренные холмы с обнажениями коренных пород, с разнотравными лесами и крупнозлаково-разнотравными лугами, а также песчаные и каменистые пляжи вдоль побережья озера Онежского, являющиеся местами обитания муравьиного льва - вида, обитающего на северной границе ареала его распространения.
На территории ООПТ расположены:
памятник природы "Андом-гора";
памятник природы "Пятницкий бор".