Рыбохозяйственный фонд пресноводных водоемов Алтайского края включает 751 реку протяженностью 6167 км, 4661 озеро площадью акватории 127,6 тыс. га, 3 крупных водохранилища площадью 22,3 тыс. га.
В 2016 году научными рыбохозяйственными организациями был определен общий объем возможной добычи (вылова) водных биоресурсов, который составил 2441,0 т, из них рыбы - 1002,1 т, речного рака - 104,9 т, гаммаруса - 120,0 т, артемии (на стадии цист) - 1140,0 т, других - 74,0 т.
Ежегодно отмечается недостаток объемов возможной добычи (вылова) водных биоресурсов в бассейне реки Оби и водохранилищах и одновременно с этим неполное освоение объемов добычи (вылова) водных биоресурсов на озерных системах края, что приводит к их перенаселению. Это связано, прежде всего, с изменением ихтиофауны водоемов, которая представлена такими основными видами, как карась, окунь, плотва. Доля ценных видов рыб (судак, сазан, щука, налим) в уловах водных биоресурсов незначительна. Так, в 2016 году объемы возможной добычи (вылова) судака составили 14,9 т от общих объемов добычи (вылова) водных биоресурсов (1002,1 т). В водных экологических системах происходит замещение ценных видов водных биоресурсов малоценными или видами, не имеющими важного промыслового значения, в основном карасем. Карась, обитающий в озерах, мельчает, переходит в тугорослую форму, теряет товарные качества и привлекательность для промысла. Периодически из-за недоловов возникают заморные явления - естественный процесс самоочищения водоемов.
Несмотря на сохранение высокой общей обеспеченности региона водными биологическими ресурсами, наблюдается обострение проблемы воспроизводства тех объектов, промысел которых характеризуется наиболее высокой рентабельностью.
Имеются и другие причины снижения объемов возможной добычи (вылова) водных биоресурсов и изменения структуры рыбопродукции региона. В бассейне реки Оби наблюдаются гибель рыбы на ранних стадиях развития, нарушение нерестилищ, мест зимовки и нагула. Эффективный нерест зависит от наличия полноценных нерестилищ, благоприятных мест нагула молоди и устойчивого гидрологического режима, определяемого уровнем, регулируемым Новосибирской ГЭС. Из-за сбросов воды подрывается нерест на основных воспроизводственных участках края - Шелаболихинском и Каменском.
В прошлые годы формирование видового состава ихтиофауны происходило путем направленного зарыбления, воспроизводства и благодаря реализации рыбоохранных мероприятий, проведение которых осуществлялось за счет специально выделяемых средств, в том числе поступающих в виде компенсации от субъектов хозяйственной деятельности на возмещение ущерба, наносимого рыбным запасам.
Практика осуществления промышленного рыболовства показала целесообразность и необходимость искусственного разведения водных биоресурсов на рыбопромысловых участках как одного из способов направленного формирования ихтиофауны водоемов и увеличения рыбопродукции.
В настоящий момент воспроизводственный потенциал реки Оби практически достиг своего максимума. Увеличение уловов в пресноводных водоемах возможно только путем внедрения различных форм аквакультуры на второстепенных промысловых водоемах. Наиболее эффективным направлением пресноводной аквакультуры является товарное рыбоводство. Это направление должно развиваться как за счет разработки и освоения новых интенсивных комбинированных и ресурсосберегающих биотехнологий на базе имеющихся рыбоводных хозяйств, так и путем создания новых производственных мощностей, строительства прудовых, озерных, садковых и бассейновых рыбоводных хозяйств, в том числе рыбоводных установок с замкнутым циклом водообеспечения.
С учетом социально-экономических особенностей региона основным направлением развития аквакультуры должно стать создание средних и мелких рыбоводных предприятий и организаций, которые смогут совмещать занятия сельским хозяйством и рыбоводством. Благодаря наличию в крае большого количества малых озер, водохранилищ и прудов руслового типа, с учетом благоприятных климатических условий, а также жизненного уклада местного населения широкое развитие получит фермерское рыбоводство.
Товарному рыбоводству, особенно фермерскому, необходима государственная поддержка для строительства зональных рыбопитомников, заводов для производства гранулированных рыбных кормов, учебных центров, ихтиопатологических пунктов, живорыбных баз. В целях снижения удельного расхода концентрированных кормов следует предусматривать широкое внедрение бионического метода кормления рыбы с применением автокормушек, осуществлять мероприятия по улучшению естественной кормовой базы прудов и водоемов, повсеместно использовать местные кормовые ресурсы. Особое внимание при этом нужно уделить дальнейшему внедрению эффективной поликультуры.
Многообразие природно-климатических условий и наличие различных типов рыбохозяйственных водоемов позволяют обеспечить развитие всех секторов рыбного хозяйства края (промышленное рыболовство, прудовое рыбоводство, сиговодство и форелеводство в предгорных районах, пастбищное рыбоводство в озерах и водохранилищах, любительское и спортивное рыболовство). Приоритетным направлением аквакультуры должно стать развитие прудового рыбоводства, в прошлом традиционного для территории края. Большие перспективы развития имеет озерная пастбищная аквакультура.
Социально значимым направлением является рекреационное рыболовство, поэтому развитие любительского и спортивного рыболовства - исключительно важная задача, которую необходимо решать путем массового зарыбления водоемов такими видами рыб, как сазан (карп), щука, судак.
Рыбоводство должно осуществляться на инновационной основе с эффективным использованием российских и зарубежных научно-технических разработок и передового опыта. Наиболее инвестиционно привлекательным сегментом рыбохозяйственного комплекса станет пастбищное рыбоводство - вид деятельности по разведению, выращиванию и выпуску в водные объекты рыбохозяйственного значения водных биоресурсов, полученных в регулируемых и контролируемых условиях в целях увеличения промыслового возврата. Развитие озерной аквакультуры позволит привлечь в рыбохозяйственную отрасль средства инвесторов, которые сейчас не могут быть направлены в рыбопромысловый сектор ввиду ограниченности ресурсного потенциала.
На первоначальном этапе реализации подпрограммы 7 необходимо проведение комплексного изучения водоемов, находящихся в федеральной собственности, для их передачи в долгосрочное пользование и последующего зарыбления. Закрепление за предприятиями права на вылов выпущенной ими молоди будет способствовать ежегодному увеличению выпуска личинок и жизнестойкой молоди в пастбищные водоемы. Это сформирует устойчивый промысловый запас, стабилизирует добычу (вылов) водных биоресурсов, что позволит финансово укрепить рыбоводные хозяйства и увеличить поступление средств в бюджеты разных уровней, а в рекреационном сегменте обеспечит оказание услуг по спортивному и любительскому рыболовству.