В первую очередь в экологической реабилитации нуждаются водные объекты, подверженные интенсивной антропогенной нагрузке, а также частично или полностью измененные. Такие водные объекты расположены в пределах городских территорий, в районах добычи полезных ископаемых и интенсивного сельскохозяйственного освоения.
Основными и главными причинами необходимости реабилитации являются высокий уровень загрязнения водоемов, изменение русел и гидрологических характеристик рек, обмеление или эвтрофикация водных объектов. Среди прочих, экологически менее значимых проблем - замусоривание и захламление русел рек и прибрежных территорий, санитарное состояние берегов, обустройство набережных.
Поступление загрязняющих веществ в водные объекты обусловлено как сосредоточенными сбросами водопользователей, так и рассредоточенными сбросами с городских и сельскохозяйственных территорий, причем вклад последних в среднем составляет 60 - 85%, а в период половодья 80 - 90%.
Малые реки городов Алтайского края (в том числе реки Пивоварка, Власиха, Ляпиха, Землянуха, руч. Сухой Лог в г. Барнауле; реки Чесноковка и Черемшанка в г. Новоалтайске; р. Горевка в г. Алейске; р. Белокуриха в г. Белокурихе; р. Казанка в г. Заринске; реки Корболиха и Змеевка в г. Змеиногорске и др.), характеризующиеся высоким уровнем антропогенных нагрузок, не охвачены регулярными гидрохимическими наблюдениями. Очистка русел и береговых зон рек проводится с привлечением общественных организаций. При этом низкая самоочищающая способность водоемов не позволяет устранить загрязнение, отмечается заиливание русел, а накопленные в илах высокие концентрации загрязняющих веществ служат источником вторичного загрязнения водных объектов.
Среди водных объектов Алтайского края, подвергшихся в разное время загрязнению в связи с освоением месторождений полезных ископаемых, выделяются реки предгорий и гор: Корболиха, Золотуха, Локтевка, Большая Гольцовка.
В экологической реабилитации нуждаются также водоемы Алтайского края, подверженные процессам заиления, эвтрофикации, обмеления и, как следствие, полной деградации.