Достижение цели и решение задач Программы осуществляются путем скоординированного выполнения комплекса мероприятий, взаимосвязанных по срокам, ресурсам и исполнителям, направленных на решение наиболее важных текущих и перспективных целей и задач, обеспечивающих экологическую безопасность Республики Тыва. Критерием выделения подпрограмм является отнесение мероприятий к определенному направлению деятельности в сфере охраны окружающей среды и природопользования. Мероприятия всех подпрограмм в комплексе должны обеспечить достижение целей Программы.
С учетом основных направлений, отнесенных к сфере реализации настоящей Программы, а также основных задач, решаемых в рамках Программы, в ее составе выделяются следующие подпрограммы.