Деятельность Уполномоченного строится на основе принципов законности, независимости, справедливости, инициативности, ответственности, открытости, объективности и доступности, а также взаимодействия и сотрудничества с государственными органами, органами местного самоуправления, их должностными лицами, полномочными представителями Президента Российской Федерации в федеральных округах, инвестиционными уполномоченными в федеральных округах, уполномоченными по защите прав предпринимателей в субъектах Российской Федерации, некоммерческими организациями, выражающими интересы субъектов предпринимательской деятельности, и их структурными подразделениями.