Механизм реализации программы включает в себя организационное, ресурсное, научное, правовое и финансовое обеспечение.
Организационное обеспечение предусматривает реализацию намеченных мероприятий через соответствующие программы районов и хозяйств, строгое соблюдение научно обоснованных систем земледелия, осуществляемых через ландшафтное землеустройство, учитывающее особенности аграрной реформы.
Координирующим органом в республике является межведомственная комиссия, в состав которой входят представители Кабинета Министров Республики Башкортостан, Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Башкортостан, Министерства экономики Республики Башкортостан, Министерства финансов Республики Башкортостан, Министерства по чрезвычайным ситуациям и экологической безопасности Республики Башкортостан, Государственного комитета Республики Башкортостан по земельным ресурсам и землеустройству и других заинтересованных министерств и ведомств.
Общий контроль за реализацией Республиканской комплексной программы осуществляет Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Башкортостан.
Контроль за целевым использованием средств, выделяемых из федерального и местного бюджета, осуществляет Министерство финансов Республики Башкортостан.
Контроль за выполнением мероприятий, предусмотренных Республиканской программой, осуществляется Государственным комитетом Республики Башкортостан по земельным ресурсам и землеустройству, Министерством по чрезвычайным ситуациям и экологической безопасности Республики Башкортостан в соответствии с их компетенцией.
Непосредственная реализация землевладельцами, землепользователями и собственниками земли мероприятий, направленных на сохранение и недопущение дальнейшего снижения, поддержания и повышения плодородия почв, предусмотренных программой, осуществляется на основе выполнения утвержденных проектов землеустройства, содержащих мероприятия по рациональному использованию и охране земель, разрабатываемых Башкирским филиалом института "Волгогипрозем" по заказам местных сельскохозяйственных органов.
Государство оказывает экономическую поддержку землепользователям в выполнении почвоулучшающих мероприятий.
При подтверждении районным комитетом по земельным ресурсам и землеустройству участия землепользователей в выполнении программных мероприятий по охране земель и повышению плодородия почв Кабинетом Министров Республики Башкортостан производится полная или частичная компенсация произведенных затрат.
Землепользователи, не выполняющие предусмотренные проектами землеустройства мероприятия по повышению плодородия почв, несут ответственность в соответствии с земельным законодательством.
Министерство сельского хозяйства и продовольствия Республики Башкортостан ежеквартально представляет в Министерство сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации отчет о ходе реализации программы.
Ресурсное обеспечение производится государственными водохозяйственными и агрохимическими предприятиями, лесхозами и лесомелиоративными станциями и другими предприятиями, привлекаемыми в качестве подрядчика. Часть работ будет выполняться самими землепользователями. Имеющаяся база в основном достаточна для выполнения намеченных работ. Однако из-за непополнения в последние 4 - 5 лет почвообрабатывающей, мелиоративной техники, машин для проведения агрохимических работ, оснащение техникой подрядных организаций низкое.
Развитие базы эксплуатационных организаций, оснащения складами для минеральных удобрений и других химикатов будет решаться местными органами.
Реализация программы на базе восстановления достигнутого в прошлые годы уровня работ в области мелиорации, химизации, лесомелиорации, интенсификации сельскохозяйственного производства и широкого применения новейших технологий в земледелии возможна только при самом широком и надежном научном обеспечении.
Научное обеспечение программы на 1997 - 2000 годы включает 12 проектов первого уровня единой научно - технической программы повышения плодородия почв и предусматривает комплексное решение научно - исследовательских и опытно - конструкторских работ по 12 направлениям.
Правовое обеспечение программы обусловлено Гражданским кодексом Российской Федерации, Земельным кодексом Российской Федерации и Земельным кодексом Республики Башкортостан, законами "Об охране окружающей среды", "О мелиорации земель".
Финансовое обеспечение. Финансирование намеченных программой мероприятий осуществляется за счет бюджетов Российской Федерации и Республики Башкортостан.
Объем финансирования устанавливается ежегодно при формировании федерального бюджета и бюджета Республики Башкортостан в пределах средств, выделяемых на государственную поддержку сельского хозяйства.