Управление ходом реализации Программы осуществляется Министерством здравоохранения Республики Башкортостан.
Министерство здравоохранения Республики Башкортостан ежегодно в установленном порядке направляет информацию о ходе реализации Программы и эффективности использования финансовых средств в Министерство экономики и антимонопольной политики Республики Башкортостан.