Государственным заказчиком Программы является Министерство здравоохранения Республики Башкортостан.
Для обеспечения контроля и координации работ при Министерстве здравоохранения Республики Башкортостан создается экспертная комиссия с участием представителей заинтересованных министерств, государственных комитетов, ведомств, организаций и общественных объединений.