Мероприятия Программы реализуются государственным заказчиком за счет ежегодно выделяемых бюджетных средств на конкурсной основе посредством заключения государственных контрактов (договоров).
Предусматривается привлечение средств Республиканского фонда обязательного медицинского страхования Республики Башкортостан и Федерального фонда обязательного медицинского страхования, общественных организаций, других поступлений.